コレクターが人類の入植地ホライズンに迫っているという情報が入った。コレクターによるこれ以上の誘拐を防ぐため、シェパード少佐はホライゾンに急行した。
住民全てを救うことは叶わなかったが、シェパード少佐は敵部隊を撃退し、初めてコレクターに痛手を負わせることができた。
戦闘後にサレン事件の際の副官アレンコ大尉と再開したシェパード少佐であったが、サーベラスを警戒する大尉は少佐のもとには帰ってこなかった。シェパード少佐は連合軍人としての矜持を捨てたつもりはなかったが、サーベラスの軍服を着、サーベラスの金で蘇り、サーベラスの作ったノルマンディー号に乗る人物を生粋の連合軍人であるアレンコ大尉が信用できないというのも理に適っている。シェパード少佐はアレンコ大尉の心情を察し、かつての盟友は異なる道を歩むこととなった。
ホライゾンを救出したシェパード少佐のもとに、かつての上官であるハケット提督から連絡が届いた。彼の友人であり連合のスパイであるアマンダ・ケンソン博士がリーパー調査中にバタリアンに捕縛されたため、彼女を救出してほしいというのだ。バタリアン政府を刺激しないためにも連合軍から距離を置いているシェパード少佐に最適の任務だと提督は考えたのであろう。
リーパーの脅威阻止だけでなく、ハケット提督の信頼に応えるためにも任務を快諾したシェパード少佐はバタリアンの収容所からケンソン博士を救出した。
こうして助け出された博士は驚くべき事実を突き止めていた。リーパーはすでに動き出しており、2日後にはバタリアンの星系に到着するというのである。そして一旦バタリアンの星系にリーパーが達してしまうと、奴らはマス・リレイを利用して銀河中に広がってしまう。これを阻止するためにもバタリアンの星系には犠牲になってもらい、星系のマス・リレイを破壊しなければならないというのである。
トルファンの惨劇をはるかに上回る犠牲者が出ることは疑う余地がない。既に虐殺者の汚名を甘んじて受け入れていたシェパード少佐は、銀河全体を救うためにはバタリアンの犠牲も仕方がないと自分を納得させ、マス・リレイを破壊することに同意した。
途中で洗脳されたケンソン博士の妨害があったが、無事にマス・リレイを破壊したシェパード少佐は、リーパーの脅威を先延ばしにすることができた。マス・リレイの破壊という蛮行と虐殺の容認という代償によって……。
バタリアンの大量虐殺を黙認したシェパード少佐の心は痛んだが、彼は立ち止まるわけにはいかなかった。彼が次に従事した仕事は、モーディン・ソーラス教授からの依頼であった。
ソーラス教授は改良型ジェノファージの開発者であるが、彼のチームに参加していた教え子のマエロンはクローガンに捕らえられ、ジェノファージ治療薬を開発しているというのであった。
銀河の秩序のためにクローガンの人口抑制は必要悪だと考えているシェパード少佐は、ソーラス教授と共にクローガンの母星トゥチャンカに降り立った。
そこでレックスと再会したシェパード少佐は、敵対部族を破り、教授の教え子マエロンと再会した。予想に反してマエロンはクローガンにさらわれたわけではなく、自ら進んでジェノファージ治療薬の開発に従事していた。脅迫によりジェノファージ治療薬の発明を止めたシェパード少佐とソーラス教授は、再び銀河の秩序を保った。
ここでもシェパード少佐は現今の秩序が犠牲の上に成り立っているということを実感した。自らの手を血に染めるシェパード少佐の良心に暗雲が立ち込めようとしていた。おそらく、教授も同様の苦しみを味わっていることだろう……。
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