2154年6月20日、地球のニュー・ニシニッポリに孤児として生まれたローマンは、レヴィン率いる地元のギャングに育てられる。ドラゴン、タイガー、ジェリーフィッシュという先輩ギャングの背中を見て育ったローマンは、シェパードという二つ名で知られる冷徹なギャングとして成長する。
その場しのぎの生き方に辟易としていたシェパードは、18歳の誕生日にギャングから逃れて連合軍に入隊した。明晰な頭脳を評価されて軍の奨学金を得たシェパードは優れた成績で士官学校を卒業した。士官学校を卒業したシェパード少尉は、元ギャングの構成員ということもあり辺境星系の奴隷商人や犯罪組織の撲滅任務に従事した。犯罪者であった過去を恥じる彼は、目標達成のためには犠牲もいとわない冷淡さと権謀術数に長けた計算高さで容赦ない作戦を展開していった。
2176年、スキリアン・ヴァージの首都エリジウムが奴隷商人や宙賊に襲われた。「スキリアン強襲」と呼ばれるこの事件の報復として、2178年に連合は辺境の惑星トルファンの月にいる奴隷商人を攻撃した。この重要な任務で地上部隊を任されたのは、辺境における宙賊退治ですでに名を馳せていたシェパード中尉であった。弱冠24歳のシェパード中尉は精鋭部隊を率いてトルファンの月の奴隷商人を全滅させたが、自軍の四分の三を失うという失態を犯してしまった。また、降伏する宙賊を容赦なく殺したシェパード中尉の残虐さは物議をかもした。シェパードの経歴の汚点とされる「トルファンの惨劇」であったが、その犠牲を恐れない冷酷な作戦指揮能力が後にスペクターのナイラスの目に留まることとなる。
トルファンの月での活躍が認められたローマン・シェパードは大尉に昇進するも、辺境の宙賊退治の任務からは外された。「トルファンの惨劇」の影響を考慮した軍の人事により地球に転任したシェパード大尉は、連合最高の特殊部隊の一員となるための訓練を受けた。訓練を終えたシェパードは少佐に昇進し、連合の最新鋭艦ノルマンディ号の試験飛行に随行することなった。
2183年、優秀なスペクターを探すナイラスは、任務完遂のためには手段を問わないローマン・シェパード少佐を評議会にスペクター候補として推薦した。人類初のスペクターの候補者となったシェパードは、その能力を評価するためにエデン・プライムに派遣される。最近、この惑星ではプロセアンの遺物「ビーコン」が発見されており、その回収のためにナイラスが派遣されることになっていたのである。
だが、予想外の事態が発生する。2世紀以上に渡ってペルセウス雲の彼方に姿を消していた機械生命体ゲスがエデン・プライムを襲撃したのである。リチャード・ジェンキンス伍長とケイダン・アレンコ大尉と共にエデン・プライムに上陸したローマン・シェパード少佐の部隊は奇襲を受け、ジェンキンス伍長は戦死してしまう。部隊の三分の一を失った少佐の脳裏には「トルファンの惨劇」が浮かぶが、現地防衛部隊の生存者であるアシュリー・ウィリアムス軍曹を隊に加えて任務を続行することができた。
生存者を救助しつつゲスを撃退しながら「ビーコン」を発見したシェパード少佐は、襲撃の背後は最強のスペクターと評されるサレンがいることを突き止めた。だが、査察官ナイラスはサレンにより殺され、不慮の事故により「ビーコン」も破壊されてしまう。壊れる寸前に「ビーコン」の知識を断片的に吸収したシェパードは、サレンとゲスの脅威を評議会に訴えるため銀河の首都シタデルへ飛んだ。
シタデルの大使館区域についたシェパード少佐一行は、ウディナ大使の計らいで評議会との会談が準備されていることを知る。エルコー大使ケイリンやヴォルス大使ディン・コーラクの知遇を得たシェパード少佐は評議会の位置する行政区タワーに向かった。
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