シェパードはソーラス教授から依頼された治療薬散布に成功し、オメガの疫病騒動を終息させることに成功した。約束を守りノルマンディー号のクルーとなるため、ソーラス教授は助手のダニエルに診療所を任せ、荷造りを始めた。 ノルマンディー号にソーラス教授を迎え入れたシェパードは、船内の案...

船の失踪連絡が相次ぐアマダ星系に向かったノルマンディー号は、突如、謎の戦艦からの攻撃を受けた。圧倒的な火力を誇る敵艦の急襲に対応できなかったノルマンディー号は、大破し、シェパード艦長はクルーに脱出を命じた。 プレスリー副長は戦死したものの、アレンコ大尉の落ち着いた対応により...

サレンとリーパーの復活を止めるために惑星アイロスに向かったシェパード少佐は、プロセアンが残したVI「ヴィジル」を発見し、プロセアン滅亡の真相を告げられた。曰く、有機生命体の“刈り取り”のサイクルを繰り返すリーパーは、マス・リレイなど高度な技術を与えることで進化に介入してきた...