C-Sec長官ヴェナリ・パリンらシタデルの有力者との面談に時間を取られたローマン・シェパード少佐は、ウディナ大使が準備していた評議会との重要な会談に遅刻してしまう。彼が評議会に到着した頃には既に会談が始まっており、サレンが重要参考人として召喚されていた。ただでさえ遅刻しているシェパード少佐は、証拠不足のためにサレンの罪を立証することができず評議員の前で恥をかいた。遅れながらも物的証拠の重要性を認知したシェパード少佐は、正義漢として知られるC-Secのギャレス・ヴァカリアン捜査官の助けを借りることにした。
サレンに疑いの目を抱いていたギャレスは、事件の手掛かり求めてミシェルのクリニックへ潜入していた。ギャレスが密かに情報収集をしていたにも関わらず、シェパード少佐が部隊を率いてクリニックに突入したため、街の真ん中で銃撃戦が勃発した。あろうことか少佐は
市街地に位置する病院で危険な放射線弾を用い、チンピラ連中を文字通り溶かした。C-Sec管轄の事件に連合軍人が介入した「ミシェルのクリニック銃撃戦事件」は、人類の越権行為に加え、人体に有害な放射線弾を市街地で用いたことや法的手続きを無視した銃使用などの理由から批判を浴びる結果となった。シェパード少佐のタフガイ気取りの銃撃戦により、ウディナ大使らが努力して獲得してきたシタデルにおける人類の信頼が揺らいだのである。しかし、煩雑な規則や法により“正義”が軽んじられていると感じていたギャレスは、目的のためなら手段を選ばないシェパード少佐の姿勢に感銘を受け、サレン追及という共通の目的もあり、行動を共にすることにした。
ドクター・ミシェルからチンピラに追われる負傷したクォリアンの話を聞いた少佐は、彼女がサレンの罪の証拠を持っていると確信する。場末の酒場「コラズ・デン」を運営するフィストが件のクォリアン狙っているという情報を手にした少佐は、ギャレスとアレンコ大尉と共に「コラズ・デン」を急襲する。病院に続いて酒場でも銃撃戦を展開したシェパード少佐は、フィストを捕らえ、クォリアンの少女タリゾラ・ナ・ラーヤの身柄を確保した。タリゾラが「聖人の儀式」の一環としてゲスのメモリーから抜き出したデータには、サレンの罪を示す証拠のみならず、アサリの有力者メイトリアーク・ベネジアの関与や「コンジット」という謎のアーティファクト、そしてゲスが信仰する機械神リーパーの存在を示唆する情報が入っていた。
タリゾラのデータを信じた評議会は、サレンの有罪を宣告して彼のスペクター権限を剥奪した。そして、サレンの陰謀を阻止するためにローマン・シェパード少佐を人類初のスペクターに任命した。
法を超越するスペクター特権を手にしたシェパード少佐は、連合軍のカホク提督やキーパーの研究するショーバンなどの人物から仕事を依頼され、数々の任務に奔走することとなった。行方不明の部隊を急いで探す必要のあるカホク提督には正規の手続きを踏む時間はなく、ショーバンのキーパー研究は法に抵触する可能性があったため、法に縛られないスペクターの存在は渡りに船であった。他にも、違法な武器の売買を捜査するC-Secの調査や外交官の痴話喧嘩解決、シタデルの犯罪と汚職の証拠探し、不良AIの無効化、エデン・プライムで戦死した軍人の遺族との対話などに時間を割かれた。そんな多忙なシェパード少佐を癒したのは、「地球で一杯おごる」と約束した民間人コンラート・ヴェルナーの言葉であった。
途中で歴戦のクローガン傭兵レックスを仲間にしたシェパード少佐は、シタデルの直面する様々な問題を解決していったのである。
シタデルでの仕事を終えたシェパード少佐は、ウディナ大使とアンダーソン大佐の待つシタデル港へ向かった。ミシェルのクリニックや「コラズ・デン」での銃撃戦の後始末に追われるウディナ大使であったが、サレン追跡の責任者として選んだのはアンダーソン大佐ではなくシェパード少佐であった。シェパード少佐が冷徹なスペクターであるだけでなく、アンダーソン大佐がサレンとの間に抱える個人的確執が任務に支障をきたす可能性を考慮した人選であった。というのも、かつてアンダーソン大佐はスペクター候補であったが、査察官として同行したサレンにコラテラルダメージの責任を転嫁されて候補者から外された過去があったのである。
ウディナ大使の下した事実上の引退命令を甘んじて受けいれたアンダーソン大佐は、ノルマンディー号艦長の座をシェパード少佐に譲った。こうして連合の最新鋭艦USSノルマンディー艦長となったシェパード少佐は、サレンの陰謀を阻止するために広大な宇宙に旅立ったのである。
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