ゲスの襲撃を受けた人類の入植惑星フェロスに向かうシェパード少佐に連合からの緊急連絡が届き、ゲスの情報収集をしていたがエレタニアで撃墜されたドローンの回収命令を受ける。エレタニアに上陸したシェパードは、目的のデータモジュールが現住生物に奪われた事を知る。だが、知能の低い現住生物はスペクターの敵ではなく、無事にデータの回収に成功した。
ノルマンディーへの帰還途中、シェパード少佐は中空に浮かぶ流体金属のような球を発見した。貴重なプロセアンの遺物と思われるこのアーティファクトを調べたところ、底に歪な形のスロットを見つけたので、軽はずみにもシェパード少佐はシタデルのアサリにもらった謎の装身具をはめ込んでみた。すると、奇妙なアーティファクトはまばゆい光を放ち、シェパード少佐にクロマニョン人の不思議な記憶を見せた。既にエデン・プライムで「ビーコン」の知識を吸収していたシェパード少佐は、エレタニアではプロセアン人が監視していたクロマニョン人の記憶を追体験した。この驚愕すべき体験をなぜか仲間にも伝えなかったシェパード少佐は、プロセアン人の遺物を発見したことを誰にも報告しなかったため、この出来事は公式の記録には残っていない。
エレタニアを離れたノルマンディー号は、当初の目的地であるフェロスに向かった。フェロスの入植地ズゥズ・ホープに到着したシェパード少佐を出迎えたのは、友好的な歓迎ではなく、ゲスの襲撃であった。ズゥズ・ホープを襲うゲスを撃退したシェパード少佐は、この植民地の悲惨な状況を目の当たりにする。正規の軍隊がいないため苦戦するフェロスの植民地は、水や電力、食料といった生命維持に必要な基本的なインフラにも事欠く深刻な苦境に陥っていたのである。
少佐がズゥズ・ホープのために水、電力、食料を確保し、ゲスの前哨地を排除したため、しばらくの間の安全は確保された。だが、ズゥズ・ホープの人々と交流したシェパード少佐はある種の違和感を禁じ得なかった。というのも、人々はこのような困難な状態にありながらズゥズ・ホープに愛着を感じているからである。入植から5年しか経過していないにも関わらず、入植者がズゥズ・ホープを故郷と呼んでいることも奇妙な感じがした。
腑に落ちないところがありながらも、シェパード少佐はフェロスからゲスを追い出すため、ゲスの輸送船が拠点としているエキソジェニ社ビルに向かった。フェロス入植を主導するエキソジェニ社のビルに到着したシェパード少佐は、生き残りの社員を救出した。ゲスの輸送船を破壊したシェパード少佐は、エキソジェニ社員からフェロスの秘密を伝えられる。
フェロスを開発していたエキソジェニ社は、ズゥズ・ホープの地下で研究対象種37「ソーリアン」を発見した。生物の脳を操作する胞子をばらまく植物ソーリアンが、ズゥズ・ホープの人々を洗脳して奇妙な故郷意識を植え付けていたと確信したシェパード少佐は、ゲス襲撃の理由もソーリアンにあると推測した。
ソーリアンのもとに向かったシェパード少佐は、途中でエキソジェニ社幹部からの妨害を受ける。エキソジェニ社の極秘研究を知ってしまった少佐を排除しようとしたエキソジェニ社幹部であったが、「トルファンの殺人鬼」の返り討ちにあって射殺された。生き残ったエキソジェニ社の研究員はシェパード少佐に神経ガスを手渡し、ズゥズ・ホープの入植者を殺すことなく無力化するように依頼した。
ズゥズ・ホープに戻ったシェパード少佐は、エキソジェニ社の神経ガスで入植者を全員気絶させた。と思った矢先、ズゥズ・ホープで指導的立場にあるファイ・ダンが現れ、ソーリアンの洗脳に屈しない意志の力を見せつけようとして銃をこめかみにあてた。シェパード少佐は手持ちの神経ガスを用いれば彼の命を助けることができたにも関わらず、彼の意志を尊重してか、ファイ・ダンの自殺を傍観した。それでもシェパード少佐は、ファイ・ダン以外の入植者16名を救うことには成功した。
ズゥズ・ホープの地下に降りてソーリアンと対峙したシェパード少佐は、サレンが「サイファー」を手にしたことを知る。プロセアンよりも長く生きているソーリアンが、エデン・プライムで吸収したプロセアンの知識を解く鍵である「サイファー」を持っていたのである。貴重な生命体であるソーリアンを殺したシェパード少佐は、ソーリアンに生きたまま贄として奉げられていたサレンの部下シアラから「サイファー」を手に入れたが、そのメッセージは難解であり、すぐには理解することができなかった。それでもシェパード少佐はシアラからサレンの情報を聞き出すことができた。
人を操る力のある巨大な戦艦ソヴリンを旗艦とするサレンは、尊敬されるアサリのメイトリアーク・ベネジアを味方としていたが、彼女の目的はサレンの野望を阻止することにあった。つまり、メイトリアーク・ベネジアはサレンの陰謀を内側から食い止めるためにサレンに接近したのであったが、ソヴリンの洗脳によりサレンに加担するようになってしまったというのである。ベネジアの弟子シアラもサレンの陰謀を阻止しようと師に従ったが、ベネジアと同様に「ミイラ取りがミイラ」になってしまったのであった。フェロス復興に手を貸すことで罪を償うと約束したシアラを見逃したシェパード少佐は、フェロスのミッション成功を評議会に報告するためノルマンディー号に戻った。
人類のコロニーである惑星フェロスをゲスの襲撃から救ったシェパード少佐は、人々を洗脳していたソーリアンを殺し、プロセアンの知識を解読するための「サイファー」を手に入れ、サレン陣営の内情の一部を知ることができた。
評議会への報告後、シェパード少佐は任務の推移についてクルーと話し合って部下との親睦を深めようとした。だが、クォリアンのタリゾラが無礼にも連合の機密情報を渡すように要求してきたため、彼女との関係は悪化した。また、ウィリアムス軍曹は排外主義的な政治信条を述べて異性人差別をしただけでなく、少佐の過去を批判するような言動をしたため、シェパード少佐の気分を害した。
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